为了避免在运输和存放微生物肥过程中造成不必要的损失，必须做到：
　　⑴、运输和存放时应避免和碳酸氢铵、钙镁磷肥等碱性肥料混放。
　　⑵、微生物肥遇水容易导致养分损失，在运输过程中应避免淋雨，存放则要在干燥通风的地方。
　　⑶、微生物肥内含有益微生物，阳光中的紫外线会影响有益微生物的正常生长繁殖，在运输存放过程中注意遮荫。