微生物肥从多方面为作物生长提供营养。微生物肥含有丰富的有机质和各种养分，它不仅可以为植物提供直接养分，而且可以活化土壤中的潜在养分，增强微生物活性，促进营养物质转化。丰富的有机质还能改善土壤物理性状，增加土壤团粒结构，增强土壤保肥和供肥能力，提高化肥利用率，间接为作物提供养分。微生物肥中的有益微生物本身没有肥效，但在繁殖过程中向土壤分泌多种代谢产物，拮抗有害微生物，促进土壤中养分的转化，提高土壤养分的有效性，改善作物的营养条件，增加土壤肥力。