微生物肥根据作物的不同选择不同的施肥方法，常用的施肥方法有：
　　撒施法：结合深耕或在播种时将微生物肥均匀地施在根系集中分布的区域和经常保持湿润状态的土层中，做到土肥相融。
　　条状沟施法：条播作物或葡萄、猕猴桃等果树，开沟后施肥播种或在距离果树5厘米处开沟施肥。
　　环状沟施法：苹果、桃、柑桔等幼年果树，距树干20--30厘米，绕树干开一环状沟，施肥后覆土。
　　放射状沟施：苹果、桃、柑桔等成年果树，距树干30厘米处，按果树根系伸展情况向四周开4--5个50厘米长的沟，施肥后覆土。
　　穴施法：点播或移栽作物，如玉米、棉花、西红柿等，将肥料施入播种穴，然后播种或移栽。
　　拌种法：玉米、小麦等大粒种子，用5公斤微生物肥与亩用种子量拌匀后一起播入土壤；油菜、烟草、蔬菜、花卉等小粒种子，用1公斤微生物肥与亩用种子量拌匀后一起播入土壤。
　　蘸根法：对移栽作物，如水稻、西红柿等，按微生物肥加5份水配成肥料悬浊液，浸蘸苗根，然后定植。
　　盖种肥法：开沟播种后，将微生物肥均匀地覆盖在种子上面。