微生物肥通过三种途径减轻作物病害：一是肥料中的功能性微生物生长繁殖，在作物根际土壤微生态系统内形成优势种群，抑制其它有害微生物的生长繁殖，甚至对部分有害病原菌产生拮抗作用，减少了有害微生物的危害机会。二是功能性微生物在生长繁殖过程中向作物根际土壤微生态系统内分泌各种代谢产物，这些代谢产物能够刺激作物生长，提高作物抵抗不良环境的能力。三是微生物肥营养元素全面，作物植株生长健壮，具有良好的株型和合理的群体，增强作物的抗病性，减少病害的发生。如白菜试验，施用微生物肥软腐病发病率为2%，而蔬菜专用肥和干燥鸡粪分别为17%和20%。